O inscripție incizată în piciorul mesei altarului atestă construirea acestei biserici în anul 1737. Conform tradiției locale, biserica ar fi fost adusa dintr-un loc numit “Ocolitura lui Ilișoni”, la sfârșitul secolului al XVIII-lea, cu prilejul sistematizării localității. După 1938, odată cu construcția unei biserici noi, biserica de lemn devine capelă de cimitir. Astăzi, ea servește și ca biserică parohială a satului Zorani, situat la 1 km de Margina. 

Pereții, ciopliți din bârne masive de stejar, au fost acoperiți la exterior cu lipitură de pământ cu prilejul unor lucrări de reparație efectuate în 1924. Învelitoarea acoperișului este din șindrilă, iar deasupra pronaosului se înalță un mic turn-clopotniță. Pictura s-a păstrat în mică măsură, doar pe bolta semi-cilindrică a naosului. Un studiu recent al cercetătoarei Rodica Vârtaciu demonstrează ca pictura aparține pictorilor Lazăr si Gheorghe Gherdanovici, și a fost realizată in deceniul trei al secolului al XIX-lea sau cel mai târziu la începutul deceniului următor. 

În anul 2012, împreună cu alte câteva biserici din lemn din Banat, biserica din Margina a fost inclusă într-un proiect de restaurare. S-a revenit la pereții descoperiți din bârne de stejar, însă conform unor surse din Direcția Județeana pentru Cultură, Timiș, se pare ca s-ar fi intervenit mai mult decât necesar, astfel alterându-se drastic aspectul original al bisericii.